En mars 2016, tout en restant l'entraîneur d'Yzeure,  Nicolas Dupuis intègre le staff de l'équipe de Madagascar avant d'être nommé sélectionneur après le départ d’Auguste Raux le 10 mars 2017 par Ahmad, ancien président de la Fédération malagasy du football, l’actuel président de la Confédération Africaine de Football. Il quitte alors son poste d'entraîneur de l'As Yzeure.

Au total, les arriérés atteignaient des mois. Une situation aggravée par l’absence de contrat de sélectionneur, alors que l’ancien joueur de l’As Yzeure a pris ses fonctions depuis plus de 2 ans. Après une modeste carrière de joueur dans les divisions amateurs à Souvigny, Yzeure, Cournon, Beaumont et Thiers1, Nicolas Dupuis devient entraîneur-joueur de l'As Yzeure en août 1996. Sous ses ordres, les Barea de Madagascar  ont remporté une bataille épique contre le Soudan (3-1) à Khartoum. Une équipe qui n’a jamais perdu une seule rencontre en 14 ans à domicile. Il est l’homme qui a rompu ce sort.

Depuis 2 ans où il a dirigé cette équipe, les Barea de Madagascar n’ont enregistré que deux défaites dont une contre le Kosovo (0-1) en match amical et une contre le Soudan (3-1) lors de la cinquième journée de qualification pour la Coupe d’Afrique des Nations (CAN 2019) laquelle se déroulera en Egypte du 15 juin au 13 juillet. Le 16 octobre 2018, il réussit un exploit historique en qualifiant les Barea pour les phases finales de la CAN 2019 à l'issue de la quatrième journée des phases de qualification.

Elias Fanomezantsoa